Grisaia: Phantom Trigger The Animation หลังจากเหตุการณ์ Heath Oslo การดำรงอยู่ของ CIRS องค์กรต่อต้านการก่อการร้ายของสหรัฐฯ – ญี่ปุ่นได้กลายเป็นเรื่องที่สาธารณชนให้ความรู้ CIRS ได้รับการสร้างขึ้นใหม่ตั้งแต่ต้นและฟังก์ชั่นแอบแฝงส่วนใหญ่ถูกแยกออกไปยังหน่วยงานใหม่: SORD (Social Ops, Research & Development) เป้าหมายของ SORD คือการฝึกอบรมนักปฏิบัติการรุ่นใหม่เพื่อปกป้องประเทศจากภัยคุกคามในอนาคต ด้วยเหตุนี้องค์กรจึงได้จัดตั้งโรงเรียนขึ้นและลงหลายแห่งในประเทศ Mihama Academy ซึ่งเหลืออยู่ไม่มากก็น้อยที่จะเน่าหลังจากปิดตัวลงอย่างกะทันหันได้รับจุดประสงค์ใหม่ในฐานะ ‘โรงเรียนฝึกอบรมผู้เชี่ยวชาญ’ ตอนนี้มอบความไว้วางใจให้กับเด็กผู้หญิงที่ไม่เหมาะสมที่เข้าร่วมด้วยปืนและกระสุนจริง ไม่ว่าชีวิตจะบดขยี้พวกเขามากแค่ไหนอนาคตอะไรที่รอคอยเด็กผู้หญิงเหล่านี้ใครกันที่เป็นคนเลือกเส้นทางของปืน?