Granblue Fantasy The Animation Season 2 ในฐานะกัปตันคนใหม่ของเรือเหาะแกรนด์ซีเฟอร์แกรนจะไม่หยุดนิ่งเมื่อพวกเขาทะยานผ่านอาณาจักรท้องฟ้าเพื่อค้นหาเกาะแอสทัลและพ่อของเขา แต่ Gran, Vyrn (เพื่อนสัตว์เลื้อยคลานของเขา), Lyria และพันธมิตรใหม่ของพวกเขาต้องเผชิญกับอุปสรรคและความท้าทายมากมายตลอดการเดินทางของพวกเขา ผูกพันกันตลอดไปด้วยพลังเวทย์มนตร์ Gran และ Lyria สาบานว่าจะปกป้องกันและกันจากอาณาจักร Erste ที่ชั่วร้าย